Trong thập niên 1920, các hoạt động truyền bá Tin Lành bị hạn chế và cấm đoán. Theo thông tri ngày 26 tháng 1 năm 1925 của Hội đồng Cơ mật, “Theo điều khoản thứ 13 của Hòa ước năm 1884, chỉ Giáo hội Công giáo La Mã có quyền truyền giảng trong xứ chúng ta. Các Giám mục, Linh mục, và giáo sư thuộc giáo hội Công giáo La Mã là những người duy nhất có phép giảng đạo của họ…Rõ ràng từ nay trở đi, tôn giáo mới (Tin Lành) và “Cao Đài” phải bị cấm tỏ tường không được truyền giảng hoặc lưu hành tại Trung kỳ. Nếu người nào bất tuân bản chỉ dụ này, hãy hình phạt hắn theo pháp luật.”[37] Thông tri này cùng các biện pháp cấm đạo như bắt giữ một số mục sư, truyền đạo, đe dọa các tín hữu và buộc họ đốt bỏ Kinh Thánh xảy ra tại một số địa phương đã làm dấy lên phản ứng của cộng đồng Kháng Cách Pháp tại nước Pháp và Đông Dương. Tháng 1, 1929, những nhà lãnh đạo Tin Lành Pháp gởi kháng thư cho Toàn quyền Pierre Pasquier khi ông mới nhậm chức, đồng thời Liên minh Tin Lành Pháp đưa vấn đề này ra trước Hạ viện.[38] Từ thập niên 1930 trở đi, các biện pháp hạn chế và cấm đoán dần dần được gỡ bỏ, mặc dù dưới sự cai trị của Pháp và triều đình Huế, Hội thánh Tin Lành Việt Nam chưa bao giờ được dành những quyền của một đoàn thể tôn giáo quốc gia như Công giáo Rô-ma được hưởng từ năm 1884.[39]
Mặc dù công cuộc truyền bá phúc âm cho các dân tộc thiểu số đã khởi sự từ năm 1924 giữa vòng người Khmer ở Châu Đốc, và cuối thập niên 1920 đã có một nhà thờ người sắc tộc được thành lập ở Khe So gần Đà Nẵng, đến năm 1929, mục tiêu truyền giáo cho người sắc tộc mới trở thành mối quan tâm của Hội Truyền giáo Phúc âm Liên hiệp. Hội thánh Tin Lành và Hội Truyền giáo phối hợp cử những nhà truyền giáo tìm đến các dân tộc thiểu số để truyền giảng và thành lập các giáo đoàn. Bên cạnh đó còn có nỗ lực truyền giáo của Cơ Đốc Truyền giáo hội. Sự đáp ứng đối với thông điệp phúc âm là tích cực. Cho đến năm 1975, mục sư và tín hữu người sắc tộc điều hành hội thánh của họ với sự cố vấn và hỗ trợ của những nhà truyền giáo từ Hội Truyền giáo và Hội thánh Tin Lành Việt Nam.[73] Đến cuối thế kỷ 20, thêm một đợt bùng nổ số lượng người tiếp nhận đức tin Cơ Đốc, nâng số tín hữu trong các dân tộc thiểu số lên gấp 7 lần so với con số thống kê tính đến thời điểm 1975.[74]
Theo ước tính của một cuộc khảo sát thực hiện năm 2009, tỉ lệ tín hữu Cơ Đốc trong một số sắc dân là khá cao như M’Nông (44%), Mạ (45%), Xtiêng (52%), Ê Đê (93%); số tín hữu người dân tộc thiểu số chiếm khoảng 62% trong tổng số hơn 1,2 triệu tín hữu thuộc cộng đồng Kháng Cách tại Việt Nam.[5][6] Tuy nhiên, tỷ lệ này đang sút giảm bởi vì ngày càng có nhiều người Kinh tiếp nhận đức tin Cơ Đốc.[75]
